Le principe consiste à faire circuler de l’eau du bassin dans un débit très lent au travers de zones fortement peuplées de plantes dites macrophytes, comme par exemple des iris d’eau, des massettes, des roseaux….
Les plantes macrophytes ont la particularité d’absorber les éléments polluants par leurs racines. Elles servent également de support aux colonies de bactéries qui recyclent l’eau en dégradant nombre de substances organiques. Parallèlement, les racines induisent de l’oxygène dissous dans l’eau qui retournera dans le bassin.
C’est une pompe programmée qui injectera lentement l’eau dans le lagunage. Celle-ci ne devra fonctionner qu’en journée afin d’éviter la production de gaz carbonique la nuit.
Grace à ce système l’eau deviendra cristalline en deux à trois semaine.