La profondeur d’un bassin influence beaucoup le processus biologique du bassin. Une eau profonde de 80 à 100 cm crée une inertie thermique suffisante pour atténuer les effets néfastes des brusques changements de température.
Les poissons trouvent en été une eau plus fraîche et mieux oxygénée, tandis qu’en hiver ils sont protégés lorsque les eaux sont prises par la glace.
Il est par ailleurs bon que la profondeur varie d’une endroit à l’autre du bassin afin de créer un biotope propice à toutes les espèces.
La profondeur ne doit cependant pas dépasser 150 cm au centre pour permettre un réchauffement suffisant de la masse d’eau au printemps.
La profondeur influence aussi l’esthétique du bassin, car elle conditionne la « couleur » de l’eau, le degré de visibilité du fond….
D’un autre côté, un voile d’eau de quelques centimètres sera suffisant si on souhaite simplement réaliser un bassin d’ornement.